Τα καταστήματα εφαρμογών έχουν γίνει απαραίτητα για την εγκατάσταση ασφαλών εφαρμογών — δηλαδή, εφαρμογών που δεν περιέχουν ιούς, κακόβουλο λογισμικό και άλλα επιβλαβή στοιχεία — αν και οι κακόβουλες εφαρμογές μπορεί μερικές φορές να μην είναι διαθέσιμες. Η Apple περιορίζει εγγενώς την εγκατάσταση εφαρμογών από το Mac App Store σε Mac , μια επιλογή που μπορούμε να τροποποιήσουμε για να επιτρέψουμε την εγκατάσταση εφαρμογών από εξουσιοδοτημένους προγραμματιστές εκτός του Mac App Store ή για να επιτρέψουμε την εγκατάσταση οποιασδήποτε εφαρμογής ανεξάρτητα από την προέλευσή της — η λιγότερο συνιστώμενη επιλογή σε όλες τις περιπτώσεις.
Η τελευταία έκδοση των Windows 10 που κυκλοφόρησε η Microsoft, η έκδοση 15042, είναι πλέον διαθέσιμη για εγκατάσταση από τους χρήστες. Αυτή η νέα έκδοση φέρνει μια αλλαγή που πολλοί χρήστες μπορεί να μην εκτιμήσουν , καθώς η Microsoft έχει περιπλέξει τη διαδικασία εγκατάστασης εφαρμογών εκτός του Windows Store, παρόμοια με το Gatekeeper σε Mac, όπως εξηγήθηκε παραπάνω. Φαίνεται ότι η εταιρεία με έδρα το Ρέντμοντ θέλει οι χρήστες να συνηθίσουν τη χρήση του Windows Store, ενός δευτερεύοντος και σχεδόν ξεχασμένου καταστήματος για πολλούς χρήστες των Windows 10.
Το πρόβλημα που αντιμετωπίζουμε συχνά με το Windows Store είναι ότι πολλές από τις εφαρμογές που είναι διαθέσιμες αυτήν τη στιγμή, όντας καθολικές, προσφέρουν ένα πολύ διαφορετικό περιβάλλον εργασίας από αυτό που έχουν συνηθίσει οι χρήστες των Windows. Αυτό το περιβάλλον εργασίας εξαλείφει έναν μεγάλο αριθμό επιλογών. Ένα σαφές παράδειγμα αυτών των περιορισμών είναι η εφαρμογή VLC, της οποίας η έκδοση για το Windows Store είναι εντελώς διαφορετική από την έκδοση που διατίθεται μέσω της ιστοσελίδας του προγραμματιστή.
Είναι σαφές ότι τα Windows, εκτός από την προώθηση της χρήσης του Windows Store , θέλουν οι χρήστες να αισθάνονται πιο προστατευμένοι κατά την εγκατάσταση εφαρμογών, εφαρμογές που, όντας διαθέσιμες στο Windows Store, μας προσφέρουν τη διαβεβαίωση ότι είναι απαλλαγμένες από ιούς, σκουλήκια, κακόβουλο λογισμικό και άλλα παράσιτα υπολογιστών.